Về tôn giáo, có thể chia người Buru thành hai nhóm, nhóm theo Hồi giáo Sunni đa phần sống tại nửa bắc của đảo, và nhóm theo Kitô giáo tại nửa nam. Tàn dư của các đức tin truyền thống vẫn hiện diện khắp nơi. Cuộc khủng hoảng kinh tế vào thập niên 1990 đã dẫn đến sự xung đột về tôn giáo trong nội bộ người Buru. Chỉ trong vài ngày vào tháng 12 năm 1999, 43 người đã bị giết hại và hơn 150 ngôi nhà bị đốt cháy tại làng Wainibe.[5][6]